INAIS menempati posisi sangat strategik dalam rangka menyiapkan dan mencetak peserta didik menjadi anggota masyarakat yang mempunyai keahlian disiplin ilmu umum dan keagamaan, yang dapat diterapgunakan bagi kepentingan masyarakat Indonesia. Peran penting itu dapat terlaksana, karena perangkat keras dan lunaknya tersedia secara memadai. Oleh karenanya, INAIS terus mengembangkan kiprahnya dengan mendirikan program Pasca Sarjana. Pada tahun 2016, INAIS membuka program Strata Dua (S2) yakni Prodi Ekonomi dan Bisnis Syariah. INAIS telah menghasilkan lulusan-lulusan yang telah berkiprah baik di dunia pendidikan, dakwah dan menjadi tenaga professional di dunia keuangan dan bisnis syariah, serta menjadi wirausahawan yang sukses. Mereka telah mengabdikan ilmu dan keahliannya untuk agama, bangsa dan negara.